Sebagai lembaga pendidikan Islam yang tidak hanya menekankan pencapaian akademik, NFBS Bogor memiliki tanggung jawab besar dalam membina keimanan dan ketakwaan santri. Salah satu aspek fundamental dalam pembinaan tersebut adalah pembiasaan dan peningkatan kualitas ibadah harian santri. Kegiatannya adalah pelatihan gerakan dan bacaan sholat, seminar psikologi ibadah, dan pendampingan sholat di masjid.
Al-Qur’an merupakan rujukan utama bagi umat Islam dalam menjalankan agamanya baik dalam pikiran maupun perbuatan. Memiliki kemampuan untuk membacanya adalah keutamaan bagi seorang Muslim. Dengan memiliki kemampuan membaca Al-Qur’an dengan baik dan benar kemudian memiliki bekal hafalan Al-Qur’an dapat menjadikan lulusan Nurul Fikri Boarding School Bogor memiliki modal utama untuk berdakwah dan memiliki peran sosial berdasarkan rujukan Al-Qur’an. Kegiatannya adalah tahsin, tahfidz, takhassus, mukhoyyam alqur’an, ujian, dan Wisuda Al-Qur’an.
Program terampil berbahasa arab difokuskan pada penambahan mufrodat dan muhadatsah serta pembiasaan mempraktekan pada aktivitas keseharian. Kegiatannya adalah ziyadatul mufrodat, muhadatsah, waqtul ‘arobi, muhadharah, assesment, dan lauhatul nataij.
Program Pembinaan Keasramaan adalah program pembinaan santri di asrama yang berfokus pada peningkatan kemandirian, keterampilan, dan kepedulian santri. Program ini meliputi kegiatan pertemuan asrama sesuai dengan kurikulum SMART, life skill, peer brother/sister, habituasi mandiri, room visit, deep talk, parents service dan room checking K3 Asrama.
Pelajaran kitab merupakan salah satu pelajaran yang penting untuk santri terutama kitab adab. selain mengaplikasikan dalam kehidupan sehari-hari santri juga harus memiliki pengetahuan tentang materi adab dan fiqih berupa teori-teori yang selanjutnya diaplikasikan.
Program ini memberikan pengetahuan kepada santri tentang prinsip-prinsip akhlak dan adab yang terkandung dalam kitab ‘Adabul Alim wal Muta’allim’, dan ‘Akhlak Lil Banat/Banin’, dan pemahaman tentang fiqih yang terkandung dalam kitab minhajul Muslim ataupun kitab referensi lainnya.
Insight merupakan salah satu program peningkatan kualitas santri dalam berbagai aspek termasuk dalam hal aqidah, syari’ah dan penguatan kepribadian islami. Berisi pemberian pemahaman materi islami, motivasi dan sharing berkaitan dengan isu-isu kekinian agar menjadi pribadi yang SMART. Program ini meliputi kegiatan GO Insight (Grand Opening), Insight NextGen, PELITA Pembina Insight, CHARGE UP! Kelas 9 dan 12 dan Nurvolution.
Bahasa Indonesia 
English